結論、会社が負担した従業員の健康診断費用を経費にすることは可能です。ただし、「福利厚生費」として経費に計上するためにはいくつかの要件を満たしている必要があります。要件を満たさない場合は「給与」となってしまう可能性があるため注意が必要です。